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Formule topologique en 3D - Représentation de Cram

Comment représenter les molécules en 3 dimensions à partir de la formule topologique.

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Transcription de la vidéo

dans cette vidéo on va s'intéresser à représenter à partir de la formule topologique ce qui peut se passer en 3d on va me partir d'un exemple cette molécule ces 3 juil tôt donc on a ici un modèle de lewis enfin une formule day-lewis donc on peut rapidement représenter la formule topologique en utilisant les règles qu'on a vu dans la vidéo précédente donc on a trois carbone 3 carbone donc on présente une chaîne brisée ici voilà une ligne brisée avec deux bouts de segments et puis un sommet dont on a bien un deux trois quarts pon on ne représente pas au bout de ses carbone les liaisons ch et puis ici on représente le groupement au h comme ceci donc ici on a ce qu'on appelle la formule topologique la question qu'on se pose c'est comment représenter en 3d la répartition des atomes alors qu'on est sur une feuille de papier et on représente les choses en 2d pour avoir un peu les idées plus claires de ce qui se passe en 3d on a ici le modèle moléculaire de la molécule ces 3 juil tôt donc on a chaque petite boule qui représente un atom et puis les petits bâtons ici qui représente une liaison donc les boules noires ce sont des atomes de carbone la boule rouge ici c'est pour l'atom d'oxygène et puis les boules blanches c'est pour les atomes d'hydrogène qui entoure la monique donc ce qu'on peut voir dans cette construction en fait de la molécule dans modem moléculaire c'est avant tout que l'on à cette liaison ici et cette liaison ici qui sont dans le même plan alors ça représente ces trois carbone est donc cette liaison ici et cette liaison ici avec les carbone donc comme c'est dans le lent le même plan on va choisir que c'est le plan de la force et le plan dans lequel on va dessiner la molécule donc je représente à nouveau ces deux liaisons ensuite ce carbone qui correspond à celui ci est hybride et un aspect 3 donc on sait qu'il a une structure qui est d'être heidrick et on voit bien ici le tétraèdre formé par l'ensemble des liaisons du carbone autour de lui on voit que ici l'oxygène vient vers l'avant de la feuille est bien quand on doit représenter une liaison qui vient vers l'avant de la feuille ont choisi de représenter l'ensemble par un triangle donc c'est cette liaison ici qui est porté par l'onu qui partaient par l'oxygène de kobo on a le groupe nomura ensuite cette liaison ici entre ce carbone toujours et cet hydrogène va vers l'arrière de la feuille par rapport au plan ici où il ya liaison bleu donc dans ce cas là on choisit de représenter cette liaison par des pointillés vers l'arrière donc voilà pour la représentation en fait de l'environnement tetra hydrique de l'ensemble des liaisons autour de ce carbone dont je rappelle bien les liaisons qui sont dans le plan de la feuille sont représentés ici par des traits pleins quand ça vient vers nous ici ça vient ça ressort vers nous on utilise un triangle plein et puis quand ça va vers l'arrière on utilise des petits pointillés donc qu'est ce qui se passe maintenant sur ce carbone à gauche du carbone centrale on a trois hydrogène et puis on remarque que celui ci avec cette liaison est dans le même plan que les précédents donc cette liaison que je vais représenter en bleu allées dans le même plan nom de la même façon je vais leur est présentée par un trait plein cet hydrogène maintenance liaison entre le carbone l'hydrogène vient vers l'avant donc j'utilise la convention de représentation d'un triangle plein viens confère lavande la feuille ensuite cette liaison ici avec l'hydrogène qui est derrière qui est un petit peu caché par le pouce on voit que ça va vers l'arrière donc de la même phase on utilise la représentation conventionnelle vers l'arrière avec des pointillés donc je complète avec une citroën au bout de chacune des liaisons on s'intéresse maintenant au carbone de droite ici de la même manière il est lié à 3 hydrogène et cette liaison est dans le même plan que les autres liaisons que je représente est en bleu donc je vais la représenter par un trait plein cet hydrogène quant à lui pointent vers l'avant donc je vais représenter avec un triangle quant au dernier hydrogène liés au carbone y pointent vers la rivière donc je vais représenter avec des petits pointillés vers l'arrière et je complète avec les hydrogène donc voilà pour la représentation ici spatiale en 3d à partir du squelette de la formule topologique de l'ensemble des atomes de cette molécule en général elles ne représentent pas les 3h ici qui sont dans les groupements ch 3 voilà on pourra voir une formule topologique avec un petit détail de la position du groupement ou h en 3d on se contentera de cette représentation l'a donc ici on a la formule topologique et puis on a simplement le groupement au h et l'hydrogène porter tout seul dans cette molécule détroit carbone sont sp3 et donc ils ont tous un environnement tetra hydrique mais de manière générale quand on en environnement est ravis on retrouve toujours deux liaisons dans le plan représentés par des traits pleins une liaison vers l'arrière représentés par des petits pointillés et une liaison vers l'avant représenté par un triangle plein et ça ça s'appelle la représentation de kram donc on va bien préciser ce que c'est que cette représentation unique ram donc pour ça il faut qu'on ait un carbone hybride et en sp3 avec un environnement qui est donc bien d'être hydrique donc on a le carbone centrale qui est lié avec deux liaisons ici dans le plan ensuite on a une liaison qui est en avant du plan représenté par un triangle plein et une liaison ici en arrière du plan représentés par des pointillés et si on regarde ce que forment en fait l'ensemble des sommets de cette structure on a bien noté trade que je représente voilà pour les fasse ici devant et puis on peut représenter ici en pointillés la dernière phase qui sera en dessous donc quand on voulons quand on utilise la représentation de cram la liaison ici entre est plein et dans le plan de la feuille la liaison qui est en triangle plein est en avant du plan de la feuille et la liaison qui en pointillés est en arrière du plan de la feuille est en général pour être vraiment un gros mot si vous avez si on a les deux liaisons ici dans le plan comme ceux ci la liaison en pointillés vers l'arrière et la liaison en triangle plein vers l'avant point de même côté donc ici sa pointe tous les deux vers la gauche et vers le bas par qu'on va appliquer ça maintenant un autre exemple donc c'est l'exemple de l'acétone c'est 3 à 6 euros dont on a ici une formule de lewis rapidement on peut donner sa formule topologique donc on a trois carbone et puis le carbone centrale porte une double liaison gros que je peux rajouter des doubles et nous n'y en pour compléter les coûter autour de l'oxygène donc en regardant ici ce modèle moléculaire et bien on va pouvoir regarder toutes les liaisons qui sont dans le même plan donc quand cette liaison est cette liaison au moins dans le même plan et puis on s'aperçoit aussi que celle ci celle ci est enfin la tourbe liaison aussi est dans le même plan si on doit représenter si en trois dimensions utilisant les conventions qu'on a appliqué eh bien on a toutes les liaisons bleus qui sont dans le plan sur le carbone ici de gauche on a un hydrogène qui vient vers l'avant donc je veux leur présenter avec un triangle le pain et puis un hydrogène qui pointe vers l'arrière alors il ya un petit peu caché par le pousse aussi donc j'ai l'hydrogène qui pointe vers l'arrière de la même façon sur le carbone de droite je vais avoir un hydrogène qui pointe vers l'avant quand je représente avec un triangle le plein et en hydrogène qui pointe vers l'arrière que je représente avec des petits pains t-il donc je complète avec messi trop jeune et j'ai ainsi la représentation topologique en 3d qui utilisent les conventions de la représentation de crabes pour les hydrogène qui sont ici représentés en bas donc avec cette deuxième fête images on voit bien que l'on a ici toutes les liaisons qui sont dans le même plan donc j'ai la liaison ici entre l'hydrogène et le carbone j'ai cette liaison avec le carbone qui est un petit peu caché par le pouce j'essaie double liaison ici avec l'oxygène la liaison entre les deux carbone ici qui vient devant mais qui toujours dans le plan et puis enfin cette liaison avec l'hydrogène lançant de tout ceci dans le plan donc je pourrait représenter ce plan pour bien voir ce qui se passe donc voilà le plan de la feuille dans lequel j'ai représenté en fait tout média sont bleus est-ce qu'on voit bien en fait c'est que ce maintenant s'ils vont mais son oeil par dessus la feuille et qu'on regarde dans cette direction là la première chose qu'on voit eh bien ce sont ces deux hydrogène ici qui pointe vers l'avant et maintenant on deux shows de la feuille donc en arrière de la fob gc 2 hydrogène qui sont ici vers l'arrière donc ce qui est intéressant ici c'est ce qu'on voit que ce carbone centrale celui ci il a bien une géométrie qui est triangulaire plein on sait qu'il est [ __ ] sp2 nous tout son environnement ici et triangulaire plan et là on voit bien que c'est dans le même plan c'est le plan de la feuille s'est plaint d'être toutes les liaisons bleus donc en général pour l'acétone importe cette molécule est bien vu la géométrie plane du carbone fonctionnel on représente pas la formule en 3d en fait l'idée ici c'était de bien bien montrer la signification de ces représentations de triangle plein pour des éléments qui viennent vers l'avant et de continuer pour les éléments qui pointe vers l'arrière et puis c'est au juste aussi un moyen ici de bien voir la différence entre la géométrie autour d'un carbone qui est [ __ ] sp2 et qui est donc plane et puis la géométrie d'un carbone qui sont hybridés sp3 et qui sont donc d'être heidrick